В 1953 году больница имела 225 коек и следующую структуру: 

  • Поликлиническое отделение (по ул.Куйбышева,26) 
  • Терапевтическое отделение – 20 коек 
  • Хирургическое отделение – 65 коек, включая 15 гинекологических и 10 урологических коек 
  • Травматологическое отделение – 50 коек, включая 5 стоматологических и 10 ортопедических 
  • Глазное отделение – 40 коек 
  • Неврологическое отделение – 20 коек 
  • Онкологическое отделение – 30 коек 
  • Рентгенологическое отделение 
  • Патолого-анатомическое отделение 
  • Физиотерапевтический кабинет 
  • Электрокардиографический кабинет 
  • Клинико-диагностическая лаборатория 
  • Приёмный покой 
  • Травмпункт

В соответствии с приказом министра здравоохранения КФССР от 31.12.54г. станция санитарной авиации была объединена с Республиканской больницей, вошла в её состав на правах отделения и располагалась в основном здании по ул.Кирова,31.

В поликлинике больницы в это время вёлся приём по 9 специальностям, причём утренний приём был организован для приезжих больных, и целью его являлось оказание им лечебно-консультативной помощи, а вечерний приём предназначался для совпартактива, и его целью было лечебно-профилактическое обслуживание.

В этот период на больницу, помимо обслуживания больных из районов республики, было возложено оказание неотложной помощи по хирургии, травматологии и офтальмологии жителям г.Петрозаводска. 
С 1955 года больница стала работать как организационно-методический центр для районного здравоохранения, поскольку начал функционировать организационно-методический кабинет.

В конце 1955 года был организован онкологический диспансер, которому были переданы онкологические койки, в связи с чем число коек в больнице уменьшилось до 195. 
В октябре 1956 года на ул. Высотной был построен и введён в строй 1-й (хирургический) корпус больницы. 
Дополнительно к существующим службам были открыты детское отделение на 20 коек и ЛОР отделение на 30 коек, началась также организация второго терапевтического отделения. Необходимость вместить в один корпус, рассчитанный на 150 коек, поликлинику, стационар на 250 коек и административно-хозяйственную часть привели к перегрузке здания. 
Среди стационарных отделений к концу 1956 года функционировали:

В 1956 году больница оснастилась двумя новыми рентгенодиагностическими аппаратами, большим количеством физиотерапевтической аппаратуры, инструментарием и предметами ухода за больными.