12 ноября 1963 года после реорганизации хирургической службы Республиканской больницы появилось еще одно специализированное хирургическое отделение, задачей которого было дальнейшее развитие хирургии заболеваний органов брюшной полости, эндокринной хирургии, хирургии гематологических заболеваний и патологии сосудов, лечение гнойно-воспалительных заболеваний.

Первым заведующим специализированного хирургического отделения (отделения абдоминальной хирургии) была назначена Капитолина Григорьевна Готовцева. За её плечами был трехлетний опыт самостоятельной работы хирургом в Пудожской ЦРБ и двухгодичная ординатура на кафедре госпитальной хирургии 1-го Ленинградского медицинского института, которую возглавлял в то время известный хирург профессор, а в последующем академик Ф.Г.Углов. С 1968 Капитолина Григорьевна совмещала работу в больнице с должностью главного хирурга Министерства здравоохранения Карелии. Ей присвоены звания «Заслуженный врач КАССР», «Заслуженный врач Российской Федерации», она является почетным членом Карельтского регионального отделения «Общероссийского общества хирургов».

В момент создания отделения в качестве ординаторов приступили к работе А.Петрасов, В.Малкова, Г.Замбахидзе, Э.Слободин. Затем к ним активно подключились сотрудники кафедры общей хирургии медицинского факультета ПетрГУ: И.Григович, А.Островский, С.Мартьянов.

В дальнейшем развитие хирургической службы Республиканской больницы связано с кафедрой факультетской хирургии ПетрГУ, основанной в 1963 году.

Большую помощь в становлении специализированной хирургической помощи оказали главный врач больницы, заслуженный врач РСФСР Л.Филимонова, заместитель главного врача по лечебной работе, заслуженный врач КАССР Р.Виленская, организатор эндокринологической службы доцент А.Грейсер, главный гематолог республики профессор И.Менделеев, руководитель анестезиологической и реанимационной службы профессор, заслуженный деятель науки России А.Зильбер, заведующий рентгенологическим отделением М.Берман.

В последующие годы работой отделения руководили Б.Сквозников, Б.Д.Кимпеляйнен, заслуженный врач Республики Карелия и Российской Федерации Н.Д.Ушаков.

В настоящее время отделение возглавляет В.А.Шорников к.м.н., главный внештатный хирург Республики Карелия.

Плодотворная работа коллектива хирургического отделения совместно с сотрудниками кафедры ознаменовалась освоением новых операций при патологии желудка, патологии поджелудочной железы; реконструктивных операций при патологии и повреждениях желчевыводящих  путей; современных методов эндовидеохирургии.

Успешная работа отделения немыслима была без надежной работы сотрудников операционного блока, среднего и младшего медицинского персонала. Коллектив всегда с благодарностью вспоминает старшую медицинскую сестру операционного блока Гончарову В.И., старших медицинских сестер хирургического отделения Радионову Н.В., Волкову Г.В., постовую сестру Смирнову М.А., санитарочку Колупаеву А.П. и других, многие годы работавших и работающих в хирургическом отделении и операционном блоке.

Коллективы хирургического отделения РБ и кафедры госпитальной хирургии, ЛОР-болезней, офтальмологии, стоматологии, онкологии, урологии медицинского института ПетрГУ дальнейшее развитие хирургии в Карелии видят только в тесном взаимодействии как в лечебной работе, так и научной деятельности. Опыт этого взаимодействия показал свою жизненность и полезность в деле сохранения здоровья населения Республики Карелия.