На основании постановления Совета министров Карело-Финской ССР от 18 ноября 1950 года на базе хирургической и терапевтической лечебниц г.Петрозаводска была создана и 1 января 1951 года открыта Республиканская больница на 250 коек для оказания населению республики высококвалифицированной специализированной медицинской помощи.
Первоначально больница располагалась в 3-х зданиях: основное – по ул. Кирова, 31 и вспомогательное – по ул.Кирова, 26, а затем и по ул.Куйбышева,10, в котором располагались Республиканская поликлиника, неврологическое отделение, несколько лечебных и лечебно-диагностических кабинетов.
В 1953 году больница имела 225 коек и следующую структуру:

1. Поликлиническое отделение(по ул.Куйбышева,26)
2. Терапевтическое отделение – 20 коек
3. Хирургическое отделение – 65 коек, включая 15 гинекологических и 10 урологических коек.
4. Травматологическое отделение – 50 коек, включая 5 стоматологических и 10 ортопедических.
5. Глазное отделение – 40 коек.
6. Неврологическое отделение – 20 коек
7. Онкологическое отделение – 30 коек.
8. Рентгенологическое отделение.
9. Патолого-анатомическое отделение.
10. Физиотерапевтический кабинет.
11. Электрокардиографический кабинет.
12. Клинико-диагностическая лаборатория.
13. Приёмный покой.
    
14. Травмпункт.

В соответствии с приказом министра здравоохранения КФССР от 31.12.54г. станция санитарной авиации была объединена с Республиканской больницей, вошла в её состав на правах отделения и располагалась в основном здании по ул.Кирова,31.
В поликлинике больницы в это время вёлся приём по 9 специальностям, причём утренний приём был организован для приезжих больных, и целью его являлось оказание им лечебно-консультативной помощи, а вечерний приём предназначался для совпартактива, и его целью было лечебно-профилактическое обслуживание.
В этот период на больницу, помимо обслуживания больных из районов республики, было возложено оказание неотложной помощи по хирургии, травматологии и офтальмологии жителям г.Петрозаводска.
С 1955 года больница стала работать как организационно-методический центр для районного здравоохранения, поскольку начал функционировать организационно-методический кабинет.
В конце 1955 года был организован онкологический диспансер, которому были переданы онкологические койки, в связи с чем число коек в больнице уменьшилось до 195.
В октябре 1956 года на ул. Высотной был построен и введён в строй 1-й (хирургический) корпус больницы.
Дополнительно к существующим службам были открыты детское отделение на 20 коек и ЛОР отделение на 30 коек, началась также организация второго терапевтического отделения. Необходимость вместить в один корпус, рассчитанный на 150 коек, поликлинику, стационар на 250 коек и административно-хозяйственную часть привели к перегрузке здания.
Среди стационарных отделений к концу 1956 года функционировали:

• Хирургическое(с урологическими койками)
• Травматологическое (со стоматологическими и нейрохирургическими койками)
• Гинекологическое
• Терапевтическое
• ЛОР
• Неврологическое

В 1956 году больница оснастилась двумя новыми рентгенодиагностическими аппаратами, большим количеством физиотерапевтической аппаратуры, инструментарием и предметами ухода за больными.
В 1957 году в составе хирургического отделения была организована анестезиологическая группа, реорганизованная в 1959 году в самостоятельное отделение интенсивной терапии, анестезии и реанимации(ИТАР), - одно из первых подобных отделений в СССР.
Второй (терапевтический) корпус больницы был введён в строй в конце 1958 года. Число коек возросло до 350.
В течение 1959 года были организованы урологическое, онкологическое и 2-е терапевтическое отделение, которое состояло из 25 гематологических и 15 эндокринных коек. Был увеличен коечный фонд неврологического и гинекологического отделений, в составе хирургического отделения были выделены 15 торакальных коек. Следует отметить, что первая закрытая митральная комиссуротомия в Карелии выполнена Михаилом Яковлевичем Раудсепом в 1959 году. В СССР аналогичная операция произведена А.Н. Бакулевым в 1952 году
К концу 1959 года число коек составило 400.
В июне 1960 года во 2-м терапевтическом отделении его заведующим к.м.н. И.М.Менделеевым было успешно выполнено первое переливание костного мозга пациенту, страдавшему агранулоцитозом (донорами костного мозга стали врачи и медицинские сёстры отделения, а также студенты 1V курса 1ЛМИ им.И.П.Павлова, проходившие врачебную практику в больнице).
В 1961 году было создано отделение грудной хирургии на 25 коек, до 45 мест увеличилось детское соматическое отделение. Таким образом, количество коек достигло 450.
2-е терапевтическое отделение переименовано в гематологическое(с 15-ю эндокринными койками) В составе его организована радиологическая лаборатория, которая на первых порах занималась применением радиоактивных препаратов (иод-131 и фосфор-32) только с лечебной целью.
В связи с переходом детского соматического отделения во вновь организованную детскую Республиканскую больницу, в 1963 году были выделены в самостоятельные торакальное и стоматологическое отделения (в составе последнего имелись 15 нейрохирургических коек.)
В середине 1968 года на основании приказа МЗ КАССР объединены офтальмологические отделения Республиканской и городской больниц. Образовавшееся единое офтальмологическое отделение на 70 коек вошло в состав Республиканской больницы. Оно было размещено на ул.Военной в отдельном здании бывшего глазного отделения городской больницы и располагалось в 3 км от основного здания Республиканской больницы. Данная реорганизация позволила создать стоматологическое и нейрохирургическое отделения на 30 коек каждое и улучшить оказание стационарной специализированной помощи по нейрохирургии и стоматологии больным г.Петрозаводска и районов республики.
Таким образом, к концу 60-х годов полностью осуществлена специализация хирургического профиля больницы.
Увеличение числа терапевтических коек и их профилизация с выделением самостоятельных эндокринологического, пульмонологического, нефрологического и кардиологического отделений настоятельно требовало строительства новых зданий больницы.
В 1973 году закончено строительство соединительной вставки между корпусами больницы. В новом здании разместились:

• Приёмное отделение
• Оргметодотдел
• Неврологическое отделение
• Операционный блок
• Отделение ИТАР
• Физиотерапевтическое отделение
• Кабинет рентгенотерапии
• Ангиографический кабинет

Общее число коек к концу 1973 года достигло 700.
В этом же году изменилась структура стационара: организовано эндокринологическое отделение на 50 коек, увеличился коечный фонд гематологического, терапевтического, неврологического отделений.
К концу 1974 года организованы:

• отделение переливания крови
• централизованная стерилизационная
• Началось строительство терапевтического корпуса на 240 коек и нового пищеблока.

В 1979 году сдан в эксплуатацию новый терапевтический корпус на 240 коек. Это позволило:

• Организовать и укрепить специализированные отделения терапевтического профиля (нефрологическое, кардиологическое, пульмонологическое, эндокринологическое, гематологическое, неврологическое)
• Увеличить коечный фонд на 100 коек
• Улучшить условия работы для отделений хирургического профиля
• Создать условия, соответствующие нормативным требованиям, ряду диагностических подразделений: клинической лаборатории, лаборатории радиоизотопной диагностики, рентгенодиагностической службе, кабинету электрокардиографии.

• Торакальное отделение 60 коек
• Хирургическое 60 коек
• Травматологическое 80 (40-ортопедических)
• Нейрохирургическое 50
• Челюстно-лицевой хирургии 50
• Гинекологическое 50
• Урологическое 45
• ЛОР – отделение 45
• Офтальмологическое 70
• Неврологическое 70
• Гематологическое 50
• Пульмонологическое 40
• Кардиологическое 40
• Эндокринологическое 50
• Отделение ИТАР 15

• лаборатория контактной коррекции зрения,
• отделение «Искусственная почка»,
• отделение функциональной диагностики.

• ревматологическое отделение на 40 коек
• отделение сосудистой хирургии на 40 коек
• Открыт кабинет ультразвуковой диагностики

• отдел клинической фармакологии и лекарственного обеспечения
• клинико-экспертный отдел.

• Центр «Диабет»
• Центр восстановительного лечения
• Эпилептологический центр (2002г.)
• Кабинет нейрофункциональных исследований
• Кабинеты УЗД
• Клиническую и биохимическую лабораторию
• Отделение функцинальной диагностики
• Рентгено-радиологическое отделение
• Медико-генетическую консультацию( продолжить её работу в составе КДЦ как структуры Республиканской больницы)

1. Центр платных медицинских услуг
2. Отделение нейрофункциональных исследований – на базе существующего кабинета

1. Респираторный Центр на основе существующего отделения интенсивной респираторной терапии.
2. Отделение гравитационной хирургии крови.
3. Кабинет магнитно-резонансной томографии